Cada colegio y escuela de Fe y Alegría cuenta con un sostenedor, quien es responsable frente al Ministerio de Educación y a toda la comunidad escolar de la educación impartida por cada una de las instituciones a sus estudiantes. Los directivos, en tanto, son quienes desempeñan actividades de dirección, planificación y coordinación en cada colegio y escuela, y son responsables del funcionamiento de la organización escolar. Ellos también se reúnen en distintas instancias durante cada año.